从前，有一个小孩名叫汤姆，他是一个聪明、爱冒险的孩子。但由于父母双亡，就寄养在严厉而又疼爱他的波莉姨妈家。
汤姆因为和镇上新来的男孩打了一架，被波莉姨妈罚刷白栅栏。他却假装刷墙是门艺术，在本·罗杰斯前拼命显摆。他靠着自己装模作样，成功地骗过了小伙伴，让过路的孩子心甘情愿把心爱的玩物奉献给他，以换取一次刷墙的机会。
礼拜日的教堂枯燥乏味，闲不住的汤姆想出了新花样。他放出了一只装在放雷管的盒子里的甲壳虫，掉在地上的甲壳虫被一只狮子狗发现了，狗和虫打了起来。后来，小狗不小心坐在甲壳虫上，被狠狠蛰了一下，它到处乱跑，扰乱了祷告，让教堂里沉闷的人们捧腹大笑了一场，汤姆·索亚满心愉悦地回家去了。
一天，汤姆和哈克到坟地玩耍，不料却亲眼看到前来盗墓的印第安·乔杀死了医生，医生死后，他却把杀人的刀塞在昏倒在地的同伴波特手里。第二天杀人案曝光，印第安·乔却把杀人罪名嫁祸于波特头上。波特很快就被抓获，进了监狱。在波特送进监狱的那一刻起，汤姆的内心十分不安，既怕说出实情会遭到杀人犯追杀，又怕不说会让波特遭受冤屈。到了出庭审案的时候，汤姆主动站出来作证印第安·乔才是真正的凶手，使波特免遭冤屈。被揭穿后，印第安·乔破窗而出，不见踪迹。
杀人案过去的几个星期后，贝琪妈妈邀请镇上的孩子去野餐。野餐会结束时，汤姆和贝琪在山洞里探险，迷了路。当他们面临着食物缺乏，蜡烛用尽的困难时，贝琪几乎绝望了，她说她宁愿等待死亡，可汤姆还在苦苦寻找，苦苦支撑着。当他鼓起勇气凭借风筝线向前探路时，陡然发现了杀人凶手——印第安·乔，但他一听到响声就逃走了。汤姆离开贝琪独自一个人继续冒险探路，牵着风筝线穿过两个通道，走到第三个山洞时，风筝线用完了，汤姆没有放弃，继续摸索，终于发现了远处有一线光，朝着那一线天光摸索，看到了密西西比河，成功带着贝琪逃离山洞回到镇上。印第安·乔最终也饿死在山洞。
后来，汤姆和哈克再次来到山洞，找到了凶手埋藏的宝藏，他的故事成了镇上的一段传奇。